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Kritische Betrachtung - Mutation und Informationszunahme
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El Schwalmo
Naturalistischer Ignostiker



Anmeldungsdatum: 06.11.2003
Beiträge: 9073

Beitrag(#1768411) Verfasst am: 20.07.2012, 22:59    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
Gretchenfrage: entweder sind GAs grundsätzlich nicht zu gebrauchen für evolutionsbiologische Aussagen, weil sie mit bits und bytes hantieren, statt mit Atomen und Molekülen. Oder: auch Weasel hat eine gewisse Schöpfungshöhe - über die trotzdem manche stolpern.

GAs sind durchaus zu irgendwas zu gebrauchen, darin stimme ich voll mir Dir überein. Es ging aber um einen konkreten GA, der in einer konkreten geschichtlichen Situation eine konkrete Evolutionstheorie modellierte und dabei etwas konnte (zeigen, dass kumulative Selektion kann, was reiner Zufall nicht kann), etwas anderes aber nicht (irreduzibel komplexe Systeme generieren). Das war mein Punkt.

Wenn Du nun meinst, dass es andere GAs gibt, die mehr können, hmmmm, interessant, aber where is the beef?
_________________
Ein seliges und unvergängliches Wesen (die Gottheit) trägt weder selbst Mühsal, noch belädt es ein anderes Wesen damit. Darum kennt es weder Zorn noch Wohlwollen. Dergleichen gibt es nur bei einem schwachen Wesen. (Epikur)

Der Christengott ist immens schwach!
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smallie
resistent!?



Anmeldungsdatum: 02.04.2010
Beiträge: 3726

Beitrag(#1768593) Verfasst am: 21.07.2012, 21:47    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Wenn Du nun meinst, dass es andere GAs gibt, die mehr können, hmmmm, interessant, aber where is the beef?

Andere GAs? Ganz im Gegenteil. Hallo El Schwalmo ... do you read me?

Ich versuche seit ein paar Posts zu erklären, warum Steiner und Weasel gleich sind.

smallie hat folgendes geschrieben:
Wenn du mir noch erklärst, warum der Steiner-GA kein Weasel-GA ist, dann will ich ruhig sein.



Also noch einmal, in anderen und etwas theoretischeren Worten: Wo sind die Unterschiede?


Die hier besprochenen GAs arbeiten mit Strings, nicht mit Molekularbiologie. Zitat Dawkins, gegeben von FSM:

Zitat:
Die Embryonalentwicklung ist ein Vorgang, der bei weitem zu kompliziert ist, um ihn auf einem kleinen Computer realistisch zu simulieren. Wir müssen sie daher durch ein vereinfachtes Analogon wiedergeben.


An der Stelle brauchen wir also nicht nach Unterschieden im Programm suchen. Khomenko hat an der Stelle auch nichts verändert, oder das zumindest nicht erwähnt.


Ebenfalls gleich ist der Funktionsteil, den mein obiges Codeschnippsel beschreibt. Fitte Individuen haben mehr Nachkommen haben. Das ist tautologisch und kann nicht bestritten werden. Auch hier gibt es keinen Unterschied zwischen Steiner und Weasel.

Also muß der Unterschied in der Selektionsfunktion liegen.

Khomenko schreibt, daß er die Selektionsfunktion als black box sieht.

Zitat:
Note that the program uses the target in a ‘black-box’ manner, i.e. the only way for it to access the target is by making queries of a certain type, using a fixed interface (i.e. the format of queries), as shown in Figure 1. [...] All the models presented in this paper also fit into this framework; thus the main line of argument in this paper is not to criticize the top-level set-up of Dawkins’ computer simulation, but to modify some of its low-level details (to make it better reflect the process of natural selection) and show that the problem becomes much harder indeed.


Dann macht er die black box auf, und steckt eine andere Bedingung rein. Und wundert sich, warum es bei manchen Bedingungen nicht geht.

Das ist etwa so, als würde ich sqrt(2) = trunc(a) / trunc(b) in eine Algebrasoftware eingeben, und dann sagen: "alles Blödsinn!", weil die Software keinen Graphen plottet.

Der STE ist seit langem bekannt, daß manche Formen nicht gehen. Vor einer Weile habe ich dies in einem anderen Thread verlinkt: On Being the Right Size Der Artikel stammt von 1926 und schon damals war Haldane nicht der Erste, der über solche Zusammenhänge nachdachte.

Solche Zusammenhänge muß man berücksichtigen, wenn man die black box der Selektionsfunktion aufmacht.



Lamarck hat das vor ein paar Seiten schon mal viel prägnanter gesagt:

Lamarck hat folgendes geschrieben:
Das. was Du hier mit "Sobald hier Irreduzible Komplexität auftaucht, funktioniert es nicht mehr" bezeichnest, ist einfach eine beliebige Zufallssequenz … .
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El Schwalmo
Naturalistischer Ignostiker



Anmeldungsdatum: 06.11.2003
Beiträge: 9073

Beitrag(#1768596) Verfasst am: 21.07.2012, 21:59    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
Ich versuche seit ein paar Posts zu erklären, warum Steiner und Weasel gleich sind.

und ich habe Dir schon vor einigen Postings geschrieben, dass ein Bobby-Car und ein Geländewagen vier Räder haben.

Schön, dass wir uns einig sind.
_________________
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El Schwalmo
Naturalistischer Ignostiker



Anmeldungsdatum: 06.11.2003
Beiträge: 9073

Beitrag(#1770759) Verfasst am: 01.08.2012, 08:46    Titel: Antworten mit Zitat

Eigentlich ist der Thread inzwischen zu Ende. Ich möchte aber noch einmal verdeutlichen, was ich meinte. Meine These war: das Weasel-Programm zeigt sehr klar die Leistungsfähigkeit kumulativer Selektion, aber auch, dass diese Probleme hat, falls Irreduzible Komplexität vorliegt.

Der Quelltext des Weasel-Programms galt lange Zeit als verschollen. Auf Dembskis Blog wurde dann ein Preis für den Quelltext ausgelobt und ein Mensch mit dem sinnigen Pseudo 'Oxfordensis' (Dawkins lehrte in Oxford, dort war auch schon immer eine Hochburg der englischen Darwinisten) hat zwei Quelltexte eingesandt, dessen erster das leistet, was im Blind Watchmaker beschrieben wurde.

Dawkins hat nicht bestätigt, dass er diese Texte geschrieben hat, sie kamen ihm auch nicht bekannt vor, war sich aber nicht sicher (Mail von Dawkins an Dembski, zitiert in dem genannten Thread):

Dawkins hat folgendes geschrieben:
I cannot confirm that either of them is mine. They don't look familiar to me, but it is a long time ago. I don't see what more I can say.


Der dort abgedruckte Quelltext ist in Delphi lauffähig. Ich kann jedem Interessierten gerne den Quelltext meines Programms oder auch das lauffähige EXE-File mailen. Die Bewertungsfunktion des Original-Programms ist ganz simpel (ich habe sie durch Einrückungen und Kommentare etwas anschaulicher gemacht):

Code:
Function SameLetters(New:Text; Current:Text):Integer;
(* Count the number of letters that are the same *)

  Var
    I:Integer;
    { Laufvariable }
    L:Integer;
    { Anzahl korrekter Zeichen }

  Begin
    L:=0;
    I:=0;
    While I <= Length(New) do
      Begin
        If New[I]=Current[I] Then
          L:=L+1;
        I:=I+1;
      End;
  SameLetters:=L;
  { Anzahl der korrekten Zeichen wird als Funktionswert zurückgegeben }
End;

Das Hauptprogramm erzeugt Generationen aus mutierten Texten, in denen je ein Buchstabe verändert wird, übergibt diese an die Bewertungsfunktion, welche die Anzahl der korrekten Zeichen ermittelt und verwendet für die nächste Generation den ersten String, der die meisten korrekten Zeichen enthält. Den gesuchten String erhält man schon nach wenigen Generationen. Ein typischer Programmlauf sieht so aus:

Zitat:
LVDHBWNCKFAJYYQOGNLRXXELHDYS

1 LVDHBWNCKIAJYYQOGNLRXXELHDYS
2 LVDHBWNCKIAJYYQOGNLRXXELHSYS
3 LVDHBWNCKIAJYYQOGNLRXXEEHSYS
4 LVDHBWNCKIAJYYQOINLRXXEEHSYS
5 LVDHBWNCKIAJYYQOINLRXXEEASYS

...

28 MPTHIVNSJIT IS LIKH A WEASYS
29 MPTHIVNSJIT IS LIKT A WEASYS
30 MPTHIVNSJIT IS LIKT A WEASES
31 MPTHIVASJIT IS LIKT A WEASES
32 MPTHIVASJIT IS LIKT A WEASEL

...

45 METHINKS IT IS LIKS A WEASEL
46 METHINKS IT IS LIKS A WEASEL
47 METHINKS IT IS LIKS A WEASEL
48 METHINKS IT IS LIKE A WEASEL

Da nur ein Zeichen pro String verändert wird, sind mindestens 28 Generationen erforderlich (falls der zu Beginn verwendete Zufallsstring kein korrektes Zeichen enthält). Die Anzahl der erforderlichen Generationen schwankt zufallsbedingt und liegt meist bei ungefähr 50. Das Programm leistet genau das, was es leisten soll: veranschaulichen, wie schnell kumulative Selektion in der Lage ist, ein variationsfähiges System zu optimieren.

Irreduzible Komplexität (definiert als 'das System ist so beschaffen, dass keine Untermenge aus weniger Teilen einen Selektionswert hat') lässt sich leicht in dieses Programm implementieren. Dazu muss nur die Bewertungsfunktion verändert werden. Das kann man beispielsweise so machen:

Code:
Function SameLettersIc(New:Text_1; Current:Text_1):Integer;
{ Berücksichtigung von Irreduzibler Komplexität }

  Var
    I:Integer;
    { Laufvariable }
    L:Integer;
    { Anzahl korrekter Zeichen }

  Begin
    L:=0;
    I:=0;

    While I <= 15 do
    { Check bis zum irreduzibel komplexen Bereich }
      Begin
        If New[I]=Current[I] Then
          L:=L+1;
        I:=I+1;
      End;

    if copy (New, 16, 4) = 'LIKE' then
    { Selektionswert wird nur verändert, falls alle vier Zeichen vorhanden sind }
      L := L + 4;

    I := 20;
    { Laufvariable auf erstes Zeichen nach irreduzibel komplexem Bereich stellen }

    While I <= Length (New) do
    { Check nach irreduzibel komplexem Bereich }
      Begin
        If New[I]=Current[I] Then
          L:=L+1;
        I:=I+1;
      End;

  SameLettersIc:=L;
  { Anzahl der korrekten Zeichen wird als Funktionswert zurückgegeben }
End;


Ich habe willkürlich die vier Zeichen 'LIKE' (Position 16 bis 19) als irreduzibel komplexen Bereich gewählt. Die Bewertungsfunktion ermittelt die Anzahl der korrekten Zeichen vor und nach diesem Bereich wie üblich, der Selektionswert des irreduzibel komplexen Bereichs ändert sich aber nur, falls alle vier Zeichen gleichzeitig vorliegen. Ein typischer Programmlauf sieht dann so aus:

Zitat:
CUAOOLLHNYVUFKPBQAVLETSBKFLY

1 CEAOOLLHNYVUFKPBQAVLETSBKFLY
2 CEAOOLLHNYVUFKPBQAVLETWBKFLY
3 CEAOILLHNYVUFKPBQAVLETWBKFLY
4 CEAOILLHNYVUFKPBQAVLATWBKFLY
5 CEAOILLHNYVUFKPBQAVLATWEKFLY

...

36 METHINKS ITDIM BFKV A WEASEL
37 METHINKS ITDIE BFKV A WEASEL
38 METHINKS ITDIS BFKV A WEASEL
39 METHINKS IT IS BFKV A WEASEL
40 METHINKS IT IS BFKV A WEASEL

...

38903 METHINKS IT IS XKOE A WEASEL
38904 METHINKS IT IS XKGE A WEASEL
38905 METHINKS IT IS AKGE A WEASEL
38906 METHINKS IT IS AKGD A WEASEL
38907 METHINKS IT IS AKGD A WEASEL

...

52511 METHINKS IT IS WIKB A WEASEL
52512 METHINKS IT IS OIKB A WEASEL
52513 METHINKS IT IS ZIKB A WEASEL
52514 METHINKS IT IS ZIKE A WEASEL
52515 METHINKS IT IS LIKE A WEASEL


Der Effekt ist leicht erkennbar: sehr schnell werden durch kumulative Selektion die korrekten Zeichen vor und nach dem irreduzibel komplexen Bereich gefunden und werden wie üblich fixiert. Innerhalb des irreduzibel komplexen Bereichs findet ein random walk statt, weil dort kumulative Selektion nicht möglich ist. Das bedeutet auch, dass korrekte Zwischenwerte nicht fixiert werden können. Der Wert an korrekten Zeichen aller Kombinationen der vier Zeichen (mit Ausnahme von LIKE) ist identisch. Nur wenn die vier korrekten Zeichen zusammen vorkommen, steigt der Selektionswert, und dann zwar sprunghaft, an. Bis dieser Teilstring zufällig erzeugt wird, vergehen meist mehrere 10.000 Generationen. Es sollte deutlich werden, wo das Problem für diesen Mechanismus liegt: genau das, was kumulative Selektion leistet, tritt beim Vorliegen von Irreduzibler Komplexität nicht auf.

Selbstverständlich kann man nun die Bewertungsfunktion so ändern, dass irreduzibel komplexe Systeme generiert werden. Aber das ist dann nicht mehr das, was Dawkins modellierte und auch nicht mehr das, was zu Beginn der Intelligent Design-Bewegung nicht nur von deren Vertretern unter 'Evolutionsmechanismus der Selektionstheorie' verstanden wurde.

Ist jetzt klar, was ich vertrete?
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Darwin Upheaval
Evo-Devo-Darwinist & Wissenschaftskommunikator



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Beiträge: 5491
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Beitrag(#1770785) Verfasst am: 01.08.2012, 10:40    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Der Effekt ist leicht erkennbar: sehr schnell werden durch kumulative Selektion die korrekten Zeichen vor und nach dem irreduzibel komplexen Bereich gefunden und werden wie üblich fixiert. Innerhalb des irreduzibel komplexen Bereichs findet ein random walk statt, weil dort kumulative Selektion nicht möglich ist.


Auch im Weasel-Programm findet doch ein random walk statt, solange der richtige Buchstabe nicht "gefunden" und fixiert wurde, oder sehe ich das falsch?

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Das bedeutet auch, dass korrekte Zwischenwerte nicht fixiert werden können.


Hmmm, was sind "korrekte Zwischenwerte" in diesem Kontext?

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:

Der Wert an korrekten Zeichen aller Kombinationen der vier Zeichen (mit Ausnahme von LIKE) ist identisch. Nur wenn die vier korrekten Zeichen zusammen vorkommen, steigt der Selektionswert, und dann zwar sprunghaft, an. Bis dieser Teilstring zufällig erzeugt wird, vergehen meist mehrere 10.000 Generationen. Es sollte deutlich werden, wo das Problem für diesen Mechanismus liegt: genau das, was kumulative Selektion leistet, tritt beim Vorliegen von Irreduzibler Komplexität nicht auf.


Das Problem dieser Überlegung ist nur, dass nicht bedacht wird, dass kein Mensch fordert, dass ein bestimmter Teilstring entstehen müsse. Der Selektionswert kann auch schon mit einem einzigen neuen Zeichen sprunghaft ansteigen, wenn dadurch eine schon bestehende Funktion verbessert wird. Ein weiteres Zeichen führt dazu, dass sich die Funktion abermals verbessert. Das dritte Zeichen wird möglicherweise durch Gendrift fixiert, so dass nur noch ein einziges Zeichen "gefunden" werden muss, um das IC-System mit einer nun ganz neuen Funktion (oder Doppelfunktion) zu konstituieren. Das wäre also durchaus eine graduelle Entstehungweise.

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:

Selbstverständlich kann man nun die Bewertungsfunktion so ändern, dass irreduzibel komplexe Systeme generiert werden. Aber das ist dann nicht mehr das, was Dawkins modellierte und auch nicht mehr das, was zu Beginn der Intelligent Design-Bewegung nicht nur von deren Vertretern unter 'Evolutionsmechanismus der Selektionstheorie' verstanden wurde.


Mag sein, aber das Problem, welches Du in Anlehnung an Behe geschildert hast, hat mit Evolution auch nicht mehr viel zu tun.
_________________
"Science is a candle in the dark." - Carl Sagan

www.ag-evolutionsbiologie.de
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smallie
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Beiträge: 3726

Beitrag(#1770939) Verfasst am: 01.08.2012, 23:09    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Schön, dass wir uns einig sind.

Dem Satz hab' ich schon damals nicht getraut. Ich wollte aber nichts mehr sagen, bis ich eine kleine Hausaufgabe erledigt hätte.

Mein Plan war, selber ein kleines Weasel zu schreiben. Ich hätte nur eine Stelle geändert - und dort Junk-DNA eingebaut, so daß der Zielstring auch wachsen kann. Weiter oben waren wir uns einig, daß eine Änderung an dieser Stelle nicht relevant sei. Die verschärfte Selektionsbedingung von Khomenko hätte ich unverändert übernommen. Dann, so meine Vermutung, wäre als Ergebnis irgendwann derartiges herausgekommen:
Zitat:
uheknb WEASEL osdun ME oe A sodih METHINKS bieujr LIKE wejhr ITS xpd


Die Arbeit hast du mir dankenswerter Weise abgenommen. Dein Versuch bestätigt meine Annahme: Khomenko war auf dem Holzweg.


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Bis dieser Teilstring zufällig erzeugt wird, vergehen meist mehrere 10.000 Generationen. Es sollte deutlich werden, wo das Problem für diesen Mechanismus liegt: genau das, was kumulative Selektion leistet, tritt beim Vorliegen von Irreduzibler Komplexität nicht auf.

Schon wieder ein Punkt, an dem wir die selbe Tatsache unterschiedlich auslegen. Meine Auslegung wäre gewesen: "na, siehst du, geht doch". Es braucht nur 10.000 Generationen, bis IC auftritt.

Das ist nicht was Khomenko sagte. Khomenko bemängelte, daß der Zielstring überhaupt nicht gefunden wird.

Dein Argument hingegen ist, daß Evolution langsamer lauft, wenn man IC einbaut. Weiter oben habe ich erwähnt, daß die STE die Frage bereits 1957 behandelt hat. Erinnerst du dich noch an Haldanes's Dilemma?



Also noch einmal, so daß es nicht überlesen werden kann:

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Schön, dass wir uns einig sind.

Nee, wir sind uns erst dann einig, wenn du abschwörst und zukünftig nicht mehr behauptest, den ID-Leuten sei etwas aufgefallen, was den STE-Leuten entgangen ist.


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Selbstverständlich kann man nun die Bewertungsfunktion so ändern, dass irreduzibel komplexe Systeme generiert werden. Aber das ist dann nicht mehr das, was Dawkins modellierte [...]

Auch beim Steiner-GA von Dave Thomas läßt sich "echte" irreduzible Komplexität mühelos einbauen. Man muß nur fordern, daß die Gesamtlänge des Netzes nicht nur minimal sein soll, sondern auch über von Anfang an höchstens 2900 Einheiten lang sein darf. So läßt sich durch willkürliche Forderungen die Selektionsfunktion jedes GAs schrotten. Quasi ein Akt von kybernetischem Vandalismus. zwinkern


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Aber das ist dann nicht mehr das, was Dawkins modellierte und auch nicht mehr das, was zu Beginn der Intelligent Design-Bewegung nicht nur von deren Vertretern unter 'Evolutionsmechanismus der Selektionstheorie' verstanden wurde.

Was Dawkins von sich gibt ist eher epigonal als seminal. Wie wär's wenn wir zur Abwechslung mal über konkrete Fragen sprächen?




PS:

noch eine praktische Frage zum eigentlichen Threadthema "Mutation und Informationszunahme":

Oben wollte ich mit sich verändernden Längen von Strings arbeiten. Wie soll ich mir das molekularbiologisch vorstellen?

Die Anzahl der Basenpaare in der DNA unterschiedlicher Arten ist unterschiedlich.

Wie ist das innerhalb einer Art? Ich rate, daß sich auch hier bei einzelnen Individuen die Zahl der Basenpaare gelegentlich geringfügig unterscheiden könnte. Stimmt das? Falls ja, wie wird eine unterschiedliche Zahl von Basenpaaren rekombiniert?


Genau an dieser Stelle sollte man nach "Informationszunahme" suchen.
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El Schwalmo
Naturalistischer Ignostiker



Anmeldungsdatum: 06.11.2003
Beiträge: 9073

Beitrag(#1770946) Verfasst am: 01.08.2012, 23:46    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Schön, dass wir uns einig sind.

Dem Satz hab' ich schon damals nicht getraut. Ich wollte aber nichts mehr sagen, bis ich eine kleine Hausaufgabe erledigt hätte.

doch, wir waren uns vollkommen einig. Genetische Algorithmen wären Autos mit vier Rädern. Ich betrachte ein Bobby-Car und dessen Eigenschaften, Du kommst mit den Eigenschaften eines Geländewagens daher. Eine Etüde in Irrelevanz, genauso wie das, was Du weiter schreibst.

Ich kann gerne auf die Postings verlinken, in denen ich geschrieben habe, um was es mir geht. Du darfst gerne weiter betonen, um was es Dir geht. Ich werde dann erfreut feststellen, dass ich Recht habe: Dir gelingt es nicht, auf das einzugehen, was das Thema ist.

Aber, um Dich zu erfreuen, trete ich einen Schritt zurück und schreibe was zu dem, was Dich interessiert, selbst wenn das mit dem Thema, was mich interessiert, nichts zu tun hat.

smallie hat folgendes geschrieben:
Mein Plan war, selber ein kleines Weasel zu schreiben. Ich hätte nur eine Stelle geändert - und dort Junk-DNA eingebaut, so daß der Zielstring auch wachsen kann. Weiter oben waren wir uns einig, daß eine Änderung an dieser Stelle nicht relevant sei. Die verschärfte Selektionsbedingung von Khomenko hätte ich unverändert übernommen. Dann, so meine Vermutung, wäre als Ergebnis irgendwann derartiges herausgekommen:
Zitat:
uheknb WEASEL osdun ME oe A sodih METHINKS bieujr LIKE wejhr ITS xpd


Die Arbeit hast du mir dankenswerter Weise abgenommen. Dein Versuch bestätigt meine Annahme: Khomenko war auf dem Holzweg.

Aber nicht hinsichtlich dessen, um was es mir geht. Das ist ein kleiner Unterschied.


smallie hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Bis dieser Teilstring zufällig erzeugt wird, vergehen meist mehrere 10.000 Generationen. Es sollte deutlich werden, wo das Problem für diesen Mechanismus liegt: genau das, was kumulative Selektion leistet, tritt beim Vorliegen von Irreduzibler Komplexität nicht auf.

Schon wieder ein Punkt, an dem wir die selbe Tatsache unterschiedlich auslegen. Meine Auslegung wäre gewesen: "na, siehst du, geht doch". Es braucht nur 10.000 Generationen, bis IC auftritt.

Nun ja, wenn Dawkins gegen typische Rechnereien von Kreationisten einwendet, dass kumulative Selektion erstaunlich rasch ans Ziel führt, und das hübsch so modelliert, dass an die 50 Generationen hinreichen, einen String aus 28 Zeichen zu generieren, ist das schon beeindruckend. Wenn ich dann nur vier Zeichen kopple, und dann braucht es etliche 10.000 Generationen, müsste Dir dämmern, wo das Problem liegt. Checke mal, wie weit Du kommst, wenn das 5 oder 10 gekoppelte Zeichen sind.

smallie hat folgendes geschrieben:
Das ist nicht was Khomenko sagte. Khomenko bemängelte, daß der Zielstring überhaupt nicht gefunden wird.

Vielleicht solltest Du den Blick auf das Wesentliche lenken?

smallie hat folgendes geschrieben:
Dein Argument hingegen ist, daß Evolution langsamer lauft, wenn man IC einbaut. Weiter oben habe ich erwähnt, daß die STE die Frage bereits 1957 behandelt hat. Erinnerst du dich noch an Haldanes's Dilemma?

Ja, und ich habe Dir damals schon gesagt, dass das nicht relevant ist.

smallie hat folgendes geschrieben:
Also noch einmal, so daß es nicht überlesen werden kann:

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Schön, dass wir uns einig sind.

Nee, wir sind uns erst dann einig, wenn du abschwörst und zukünftig nicht mehr behauptest, den ID-Leuten sei etwas aufgefallen, was den STE-Leuten entgangen ist.

Ich behaupte, dass Behe ein Argument präzisiert und vertieft hat, mit dem schon Darwin ein Problem hatte (schau mal, warum die 6. Auflage des Origin deutlich länger ist als die 5. oder gar die erste) und das während der evolutionären Synthese heiß umstritten war, aber im Rahmen der STE nie gelöst wurde, und dass das, was heute als Lösung betrachtet wird, mit der STE nicht kompatibel ist.

Einig waren wir uns nur darüber, dass ein Bobby-Car und ein Geländewagen vier Räder haben. Wir könnten uns noch darüber streiten, ob Dir der Unterschied zwischen einem Bobby-Car, einem Geländewagen und einem üblichen Auto geläufig ist.

smallie hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Selbstverständlich kann man nun die Bewertungsfunktion so ändern, dass irreduzibel komplexe Systeme generiert werden. Aber das ist dann nicht mehr das, was Dawkins modellierte [...]

Auch beim Steiner-GA von Dave Thomas läßt sich "echte" irreduzible Komplexität mühelos einbauen. Man muß nur fordern, daß die Gesamtlänge des Netzes nicht nur minimal sein soll, sondern auch über von Anfang an höchstens 2900 Einheiten lang sein darf. So läßt sich durch willkürliche Forderungen die Selektionsfunktion jedes GAs schrotten. Quasi ein Akt von kybernetischem Vandalismus. ;)

Nun musst Du nur noch zeigen, wie Dawkins derartige Mechanismen in sein Modell eingebaut hat. Dann hast Du ein Argument, vorher nicht.

smallie hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Aber das ist dann nicht mehr das, was Dawkins modellierte und auch nicht mehr das, was zu Beginn der Intelligent Design-Bewegung nicht nur von deren Vertretern unter 'Evolutionsmechanismus der Selektionstheorie' verstanden wurde.

Was Dawkins von sich gibt ist eher epigonal als seminal. Wie wär's wenn wir zur Abwechslung mal über konkrete Fragen sprächen?

Ich habe Dir geschrieben, was mich interessiert. Du hast geschrieben, was Dich interessiert. Wollen wir uns in kollektiven Monologen üben?

smallie hat folgendes geschrieben:
PS:

noch eine praktische Frage zum eigentlichen Threadthema "Mutation und Informationszunahme":

Oben wollte ich mit sich verändernden Längen von Strings arbeiten. Wie soll ich mir das molekularbiologisch vorstellen?

Genduplikationen? Robertsonsche Translokationen? Insertionen? Deletionen? Transposons?

smallie hat folgendes geschrieben:
Die Anzahl der Basenpaare in der DNA unterschiedlicher Arten ist unterschiedlich.

Auch, aber selbst eineiige Zwillinge müssen nicht die gleiche Anzahl an Basenpaaren haben. Zumindest nicht in allen Zellen.

smallie hat folgendes geschrieben:
Wie ist das innerhalb einer Art? Ich rate, daß sich auch hier bei einzelnen Individuen die Zahl der Basenpaare gelegentlich geringfügig unterscheiden könnte. Stimmt das? Falls ja, wie wird eine unterschiedliche Zahl von Basenpaaren rekombiniert?

Problemlos, weil die Chromatiden vor der Zellteilung verdoppelt werden. Solange nicht solche Stellen betroffen sind, die bei der Meiose ein Problem machen, ist es nicht weiter schlimm, ob ein paar Basen fehlen oder dazukommen. Somatische Zellen sind für die Evolution eh mehr oder weniger uninteressant.

smallie hat folgendes geschrieben:
Genau an dieser Stelle sollte man nach "Informationszunahme" suchen.

Ist Standard: Duplikationen, wobei eine Kopie die ursprüngliche Funktion weiter ausübt, die andere eine Spielwiese der Evolution darstellt. Kritik kannst Du bei Behe nachlesen.
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Beiträge: 3726

Beitrag(#1771371) Verfasst am: 03.08.2012, 23:25    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Schon wieder ein Punkt, an dem wir die selbe Tatsache unterschiedlich auslegen. Meine Auslegung wäre gewesen: "na, siehst du, geht doch". Es braucht nur 10.000 Generationen, bis IC auftritt.

Nun ja, wenn Dawkins gegen typische Rechnereien von Kreationisten einwendet, dass kumulative Selektion erstaunlich rasch ans Ziel führt, und das hübsch so modelliert, dass an die 50 Generationen hinreichen, einen String aus 28 Zeichen zu generieren, ist das schon beeindruckend. Wenn ich dann nur vier Zeichen kopple, und dann braucht es etliche 10.000 Generationen, müsste Dir dämmern, wo das Problem liegt. Checke mal, wie weit Du kommst, wenn das 5 oder 10 gekoppelte Zeichen sind.

Garbage in, garbage out. Das habe ich schon zig-mal von dir als Antwort bekommen.

Diesmal bist du dran, das von mir zu hören. Sehr glücklich



An der Stelle müßtest du ein Beispiel aus der Biologie bringen. So wie es Khomenko macht:

Zitat:
Behe adduces several examples of irreducibly complex systems in living organisms, such as the biochemistry of human vision and blood clotting, bacterial flagellum (a motor allowing bacteria to swim), a cell ‘delivery system’ transporting synthesised proteins to their proper place and a few other systems.

These systems comprise several (often dozens or more) of proteins working together to accomplish a certain function; moreover, the absence of even one of them renders the whole system useless (or even harmful). That is, such a system could not have come into existence by gradual improvement of a simpler one, [...]

Mich kann man damit zum Schweigen bringen, so daß ich aus dem Stegreif, ohne zu googlen, nichts mehr sagen kann.

Glücklicherweise schreiben auch noch andere Leute hier. Du und Darwin Upheaval habt das Thema oben schon angesprochen:


Darwin Upheaval hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Wow, 11 funktionale Zwischenschritte! Scherer würde jetzt von 'Basisfunktionszuständen' sprechen und Dich fragen, wie Du von einem Zustand zu nächsten kommst. Wenn Du natürlich meinst, dass jeder Zwischenzustand direkt vom vorigen aus durch eine hinreichend wahrscheinliche Mutation erreichbar ist, bist Du fertig. Ansonsten ist das Modell etwas, hmmm, sagen wir mal, saltationistisch.


Bedenke, dass das den Erwartungen des IC-Arguments bzw. den meisten seiner Vertreter widerspricht: Die Flagelle müsse doch angeblich in einem Schritt entstehen!

Zitat:
Die irreduzible Komplexität muss […] in einer einzigen Generation entstehen, sie kann nicht kumulativ (schrittweise) aufgebaut werden, da Zwischenstadien der Selektion zum Opfer fielen […] Die Tatsache, dass Lebewesen (im Gegensatz zu technischen Systemen) sich selbst fortpflanzen können und daher über mehrere Generationen Komplexität schrittweise aufbauen könnten, wird hier ausdrücklich berücksichtigt. Denn Vorstufen irreduzibel komplexer Systeme sind wertlos [Hervorhebung D.U.] und werden daher ausgelesen .


Junker, R./Scherer, S. (2006) Evolution. Ein kritisches Lehrbuch. Gießen, 306f

Matzke präsentiert nun solche funktionalen Zwischenstadien, die weder "wertlos" sind noch der Selektion zum Opfer fallen und auch nicht in einer Generation entstanden sein müssen. Warum kann man das nicht einfach mal anerkennen?



Sollte dir Darwin Upheavals Kompetenz unzureichend erscheinen, dann trage deine Kritik vielleicht da vor, in der Kategorie Recently in Irreducible Complexity. Vergiß bitte nicht, auch hier auf deine Beiträge dort zu verlinken - das könnte unterhaltsam werden. Auf den Arm nehmen


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Ich behaupte, dass Behe ein Argument präzisiert und vertieft hat, mit dem schon Darwin ein Problem hatte (schau mal, warum die 6. Auflage des Origin deutlich länger ist als die 5. oder gar die erste) und das während der evolutionären Synthese heiß umstritten war, aber im Rahmen der STE nie gelöst wurde, und dass das, was heute als Lösung betrachtet wird, mit der STE nicht kompatibel ist.

Du versuchst erneut, mit einem Verweis auf ein Buch, ja auf mehrere Quellen, zu "beweisen", daß du wieder einmal Recht hattest. Tja, jedesmal wenn ich deine Quellen nachgelesen habe, kam ich zu einer anderen Auslegung als du.

Warum schreibst du nicht in deinen eigenen Worten, was wesentlich ist? Oder zitierst beispielhaft, welche Stellen dir wesentlich erscheinen?


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Einig waren wir uns nur darüber, dass ein Bobby-Car und ein Geländewagen vier Räder haben. Wir könnten uns noch darüber streiten, ob Dir der Unterschied zwischen einem Bobby-Car, einem Geländewagen und einem üblichen Auto geläufig ist.

Wir waren uns einig? Das ist Wunschdenken. Zu der Bobby-Car-Metapher hab ich mich bisher nicht geäußert. In deinen Worten: zeige mir die Stelle. Meine Antwort wäre eher hämisch ausgefallen: wenn einem nur Metaphern bleiben, statt Beispiele, dann hat man sich argumentativ ziemlich weit vor gewagt.

Außerdem ist die Metapher Käse. Natürlich kommt auch ein Bobby-Car auf den Mount Improbable. Ich packe es in den Kofferraum des Geländewagens, fahre den Berg hoch, schwupps, schon ist es oben.

Oder noch viel drastischer: ein Bakterium kann keine Mondrakete bauen, aber die Schlagzeile nach der Mondlandung hätte lauten müssen:
Zitat:
2 Menschen und 2E14 Bakterien landen auf dem Mond.


Metaphern sind eine Erklärungshilfe, um das rechte Bild zu finden. Aber eine Metapher ist ein schlechter Ersatz für Argument.


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Ich habe Dir geschrieben, was mich interessiert. Du hast geschrieben, was Dich interessiert. Wollen wir uns in kollektiven Monologen üben?

Ich werde versuchen, meine Klappe zu halten. Mir fällt nichts Neues mehr ein.


Zum Thema Rekombination kommt noch was.
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smallie
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Beitrag(#1771381) Verfasst am: 04.08.2012, 01:06    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Oben wollte ich mit sich verändernden Längen von Strings arbeiten. Wie soll ich mir das molekularbiologisch vorstellen?

Genduplikationen? Robertsonsche Translokationen? Insertionen? Deletionen? Transposons?

Deine Schlagworte beschreiben nur die Entstehung von unterschiedlichen Längen im Genom. Ich wollte etwas anderes wissen:

Was passiert bei der Rekombination, wenn sich zwei Individuen fortpflanzen, von denen ein Individuum eine duplizierte Stelle aufweist? Wie läuft das ab, wenn jemand mit Trisomie 21 und jemand ohne ein Kind zeugen?


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Die Anzahl der Basenpaare in der DNA unterschiedlicher Arten ist unterschiedlich.

Auch, aber selbst eineiige Zwillinge müssen nicht die gleiche Anzahl an Basenpaaren haben. Zumindest nicht in allen Zellen.

smallie hat folgendes geschrieben:
Wie ist das innerhalb einer Art? Ich rate, daß sich auch hier bei einzelnen Individuen die Zahl der Basenpaare gelegentlich geringfügig unterscheiden könnte. Stimmt das? Falls ja, wie wird eine unterschiedliche Zahl von Basenpaaren rekombiniert?

Problemlos, weil die Chromatiden vor der Zellteilung verdoppelt werden. Solange nicht solche Stellen betroffen sind, die bei der Meiose ein Problem machen, ist es nicht weiter schlimm, ob ein paar Basen fehlen oder dazukommen. Somatische Zellen sind für die Evolution eh mehr oder weniger uninteressant.

Meine Frage war, wie wird eine unterschiedliche Zahl von Basenpaaren rekombiniert. Du antwortest, das sei kein Problem für die Meiose. Die Antwort verstehe ich nicht.

War meine Frage so unklar formuliert? Also noch einmal: was passiert bei der Verschmelzung von Samen- und Eizelle, wenn beide sich in der Zahl ihrer Basenpaare unterscheiden?


smallie hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Genau an dieser Stelle sollte man nach "Informationszunahme" suchen.

Ist Standard: Duplikationen, wobei eine Kopie die ursprüngliche Funktion weiter ausübt, die andere eine Spielwiese der Evolution darstellt. Kritik kannst Du bei Behe nachlesen.

Du schreibst davon, wie eine unterschiedliche Anzahl von Basenpaaren individuell erzeugt wird. Ich wollte wissen, wie diese unterschiedliche Zahl zwischen zwei Individuen wieder zusammengefügt wird, so daß sie in den Genpool übergeht.


Formal gesagt: Ausgangspunkt sei diese Basenfolge. Das Muster ist unrealistisch, in Wahrheit wäre eine Basenfolge weniger regelmäßig, aber so wird's deutlicher, ohne Beschränkung der Allgemeinheit. Die geschönte Basenfolge soll mit einem Partner rekombiniert werden, der genau die gleichen Allele trägt.

Code:
AAAACCCCGGGGTTTT

Code:
AAAACCCCGGGGTTTT


Durch einen der von dir genannten Mechanismen wächst eine dieser Folgen zu:

Code:
AAAACCCC X GGGGTTTT



Dann sehe ich diese Möglichkeiten während der Rekombination:

Code:
AAAACCCC X GGGGTTTT
 AAAACCC X GGGGTTTT
AAAACCCC X GGGTTTT
AAAACCCCGGGGTTTT


Jedem Programmierer, der einen GA mit Rekombination und mit veränderlicher Länge des Genoms bauen will, wird sich diese Frage stellen. Die Frage wird umso drängender, je größer die Längendifferenz wird. In meinem trivialen Beispiel ist die Differenz nur eine Stelle. Ein Beispiel für einen String der Länge 100, der sich mit einem String der Länge 104 paart, möchte ich lieber nicht hinschreiben.

Da habe ich in die Runde gefragt, was die Molekularbiologie dazu sagt.
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Tom der Dino
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Beitrag(#1771390) Verfasst am: 04.08.2012, 07:49    Titel: Antworten mit Zitat

Bei der Verschmelzung von Samen- und Eizelle bringt jede einen halben Chromosomensatz mit. Das ist bereits doppelsträngige DNA. Es kommt nicht dazu, dass sich ein Strang vom Vater mit dem Komplementärstrang der Mutter verbindet.
Bei Trisomie 21 wird das Chromosom 21 in zweifacher Ausführung von einem der Elternteile mitgebracht.
Das Chromosom a des Vaters nun 5 Bio. bp hat und das der Mutter nur 4,9 Bio. Ist somit egal.
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smallie
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Beitrag(#1771553) Verfasst am: 04.08.2012, 21:38    Titel: Antworten mit Zitat

Hoppla, dann war meine Frage ziemlicher Mist. Da ist wohl Nachsitzen angesagt.
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El Schwalmo
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Beitrag(#1771554) Verfasst am: 04.08.2012, 21:46    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
Hoppla, dann war meine Frage ziemlicher Mist. Da ist wohl Nachsitzen angesagt.

komisch, dass Du das hinsichtlich STE, Dawkins und vor allem Irreduzibler Komplexität nicht bemerkt hast.

Deine Veranschaulichung (Bobby-Car im Kofferraum eines Geländewagens) war übrigens genial. Geht mir hier wie Huxley, als er Darwins Buch gelesen hatte ('Wie dumm von mir, nicht selber darauf gekommen zu sein!'). Eigentlich das stärkste Argument gegen Deinen Standpunkt, falls Du unter der Prämisse, um was es mir in der Diskussion ging, darüber nachdenkst.
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smallie
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Beitrag(#1771559) Verfasst am: 04.08.2012, 22:27    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Hoppla, dann war meine Frage ziemlicher Mist. Da ist wohl Nachsitzen angesagt.

komisch, dass Du das hinsichtlich STE, Dawkins und vor allem Irreduzibler Komplexität nicht bemerkt hast.

Auf die Gefahr hin, eine noch doofere Frage zu stellen: wie läßt sich Toms Antwort auf meine haploiden Strings anwenden?

Wie muß ich mir die Sache vorstellen, wenn

Code:
AAAACCCCGGGGTTTT
auf
Code:
TTTTGGGGCCCCAAAA

trifft?
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El Schwalmo
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Beitrag(#1771572) Verfasst am: 04.08.2012, 22:53    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Hoppla, dann war meine Frage ziemlicher Mist. Da ist wohl Nachsitzen angesagt.

komisch, dass Du das hinsichtlich STE, Dawkins und vor allem Irreduzibler Komplexität nicht bemerkt hast.

Auf die Gefahr hin, eine noch doofere Frage zu stellen: wie läßt sich Toms Antwort auf meine haploiden Strings anwenden?

Wie muß ich mir die Sache vorstellen, wenn

Code:
AAAACCCCGGGGTTTT
auf
Code:
TTTTGGGGCCCCAAAA

trifft?

ich verstehe Deine Frage, ehrlich gesagt, nicht.

DNA ist immer doppelsträngig. Was Du gerade diskutierst sind keine haploiden Stränge, sondern Einzelstrang-DNA. Die gibt es üblicherweise nur oberhalb der 'Schmelztemperatur' in Experimenten.

Wenn Du einen Doppelstrang (ich lasse die Orientierung 5' -> 3' mal weg und gehe davon aus, dass das passt) mit der obigen Sequenz hast, würden sich die beiden Stränge zusammenlagern. An der Stelle, an der nicht komplementäre Basenpaare sind, würde ein kleiner 'Knubbel' entstehen, der auch die Form einer Schleife haben kann, wenn die Stränge 'vorne' und 'hinten' komplementär sind, einer der Stränge aber deutlich länger ist. Der erste Fall tritt beispielsweise auf, wenn durch Chemikalien eine Base verändert wird. Es gibt Enzyme, die das dann reparieren.

Schon lange her, dass ich mich mit Molekulargenetik befasst habe, ich weiß jetzt nicht, ob der zweite Fall (Verbindung verschieden langer Einzelstränge) außerhalb von Labors vorkommt. DNA wird ja üblicherweise aus DNA erzeugt, indem an einen Einzelstrang komplementäre Basen angelagert werden. Dadurch sollten längere Insertionen oder Deletionen eigentlich nicht vorkommen.
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El Schwalmo
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Beitrag(#1771584) Verfasst am: 04.08.2012, 23:21    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
Sollte dir Darwin Upheavals Kompetenz unzureichend erscheinen, dann trage deine Kritik vielleicht da vor, in der Kategorie Recently in Irreducible Complexity. Vergiß bitte nicht, auch hier auf deine Beiträge dort zu verlinken - das könnte unterhaltsam werden. :P

ich fürchte, Du hast immer noch nicht verstanden, um was es mir geht.

Thread 1: Irreduzible Komplexität als Einwand gegen eine durchgängig naturalistische Evolution

Ich sehe nicht, dass Irreduzible Komplexität ein echtes Problem ist. Das Konzept ist vollkommen 'löchrig'. Inhaltlich braucht man es eigentlich gar nicht zu diskutieren, denn das Argument, das durch Irreduzible Komplexität gestützt werden soll (aus Irreduzibler Komplexität folgt Design), ist keins. In keiner der Arbeiten, die ich kenne, wird dieser Schluss begründet. Behe beispielsweise setzt ihn einfach voraus. Bestenfalls wird das als Schluss auf die beste Erklärung vertreten, aber selbst für diesen Schluss fehlen einfach alle Belege. Es gäbe durchaus mögliche Beobachtungen, welche diesen Schluss nahe legen können, aber die einfachste Antwort bleibt immer noch 'an der Grenze des Wissens beginnt Nichtwissen, nicht Wissen um Design'.

Thread 2: Es ist geklärt, wie irreduzibel komplexe Systeme evolvieren

Das scheint mir nicht der Fall zu sein. Es gibt etliche Modelle, aber keine belastbaren Evolutionsschritte. Es ist einfach eine Frage, die noch geklärt werden muss. Vermutlich wird man neue Evolutionsmechanismen oder auch nur Kombinationen, an die man bisher nicht gedacht hat, finden. Nur nebenbei, vorsichtige Autoren wie Junker räumen ein, dass noch gar nicht gezeigt wurde, dass es überhaupt irreduzibel komplexe Systeme gibt. Menschen wie Darwin Upheaval gehen davon aus, dass es solche Systeme gibt. Es gibt eine interessante Korrelation (wie eigentlich immer in der Wissenschaftsgeschichte): Autoren, die meinen, eine Lösung gefunden zu haben, sind großzügig gegenüber den Inhalt der Kritiken (beispielsweise erkennt man an, dass es Irreduzible Komplexität gibt). Wenn man keine Lösung hat, muss man die Kritik als Kritik zerlegen (also beispielsweise bestreiten, dass sinnvoll definiert werden kann, was ein irreduzibel komplexes Systeme ist).

Könnte sein, dass hier eine Diskussion auch interessant sein könnte. Hier habe ich aber meist das Problem, dass es um Wertungen und nicht um Inhalte geht. Für die eine Seite ist das Glas halb voll. Das, was man schon weiß, lässt hoffen, es weiter zu füllen. Für die andere Seite ist das Glas halb leer. Das, was man weiß, entmutigt eher, ja, man befürchtet (oder hofft?) sogar, dass das Glas noch leerer werden könnte, weil man erkannt hat, dass etwas nicht so funktionieren kann, wie man sich das vorgestellt hatte. Ich hingegen plädiere dafür, einfach zu forschen, und abzuwarten. Es gibt kein stichhaltiges Argument für Design, man braucht sich nicht zu verteidigen. Mit löchrigen Modellen schadet man der eigenen Sache mehr als man ihr nützt, vor allem dann, falls man eben nicht die Deutungshoheit hat.

Thread 3: Dawkins behauptete, mit dem Inventar an Mechanismen, das er zur Verfügung hat, die gesamte Evolution zu erklären

Vielleicht war Dawkins vorsichtiger in der Formulierung, aber lies einfach das Vorwort zum Blind Watchmaker, dann merkst Du, was ich meine. Wenn Du Zeit hast, lohnt sich auf jeden Fall die zweite Folge der Weihnachtsvorlesung, die Dawkins IIRC 1991 gehalten hat. Auch das Weasel-Programm wird dort sehr publikumswirksam vorgestellt. Solltest Du das Vorwort gelesen haben und nicht bemerkt haben, was ich meine, dann zitiere ich ein paar Stellen. Es macht keinen Sinn, das zu machen, bevor Du den Text im Ganzen gelesen hast.

Das Weasel-Programm kann sehr schön zeigen, was das, was Dawkins vertritt ('kumulative Selektion') leistet. Aber, und das war mein Punkt, ironischerweise zeigt es eben auch, was es nicht kann. Da Behes Werk 10 Jahre nach dem Dawkins' erschien, ist es nicht verwunderlich, dass Irreduzible Komplexität (den Begriff gab es zwar schon, aber nicht in dem Sinn, den Behe vertrat) in der üblichen Kritik nicht auftauchte. Und wenn, dann auf der Basis der schon erfolgten Kritik. Ich habe nur gezeigt, wie man im Rahmen dieses Programms das Problem offensichtlich machen kann, und wies darauf hin, welche Bedeutung es haben könnte, wenn Evolutionsgegner unter 'Evolution' nur das verstehen, was Dawkins modellierte.

Mir ging es ausschließlich um Thread 3. Du hast etwas vollkommen Anderes gemacht: mich davon überzeugen wollen, dass Irreduzible Komplexität kein Problem für andere Algorithmen oder Modelle ist. Das sind auf der einen Seite offene Scheunentore, über die ich aus Langeweile nicht diskutieren möchte. Oder aber Nebelkerzen hinsichtlich dessen, was ich diskutieren wollte. Denn das sind dann Argumente aus Thread 1 oder Thread 2 in Thread 3. So stimmig sie auch sein mögen, zu Thread 3 passen sie nicht.

Und, nicht vergessen, ich argumentiere ideengeschichtlich im Bereich der späten 1990er Jahre, nicht inhaltlich auf dem Stand von heute.
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smallie
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Beitrag(#1771811) Verfasst am: 05.08.2012, 22:40    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
smallie hat folgendes geschrieben:
Auf die Gefahr hin, eine noch doofere Frage zu stellen: wie läßt sich Toms Antwort auf meine haploiden Strings anwenden?

Wie muß ich mir die Sache vorstellen, wenn

Code:
AAAACCCCGGGGTTTT
auf
Code:
TTTTGGGGCCCCAAAA

trifft?

ich verstehe Deine Frage, ehrlich gesagt, nicht.

Weiter oben sagte ich:

smallie hat folgendes geschrieben:
Gretchenfrage: entweder sind GAs grundsätzlich nicht zu gebrauchen für evolutionsbiologische Aussagen, weil sie mit bits und bytes hantieren, statt mit Atomen und Molekülen.


Meine Frage lautet im Kern: was muß man beachten, wenn man einen GA bauen will, der ansatzweise die tatsächlichen biologischen Gegebenheiten berücksichtigt?

Hmm. So vielleicht:

- meine Annahme einer Rekombination zwischen haploiden Individuen war Unsinn. Haploide Lebewesen vermehren sich durch Zellteilung, aber nicht sexuell. Die Frage nach der Rekombination von haploider DNA stellt sich in der Biologie nur in Spezialfällen, wie lateralem Gentransfer. In GAs wird das oft so gemacht.

- meine Vermutung ist: der Unterschied zwischen haploider und diploider Vermehrung ist genau der Unterschied zwischen asexueller und sexueller Vermehrung. Das war mir bisher nicht klar. Sollte das stimmen, hätte ich gerade etwas gelernt. Sollte es nicht stimmen, lerne ich bestimmt gleich auch was.

- ganz sicher weiß ich, daß manche Insekten eine Zwischenform aus beidem bilden. Männchen sind haploid, Weibchen diploid.

- völlig unklar ist mir, wie ein GA-Programmier bestimmen sollte, welches Allel dominant und welches rezessiv ist. Kann die Biologie da mehr tun, außer nachsehen?



El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
DNA ist immer doppelsträngig. Was Du gerade diskutierst sind keine haploiden Stränge, sondern Einzelstrang-DNA. Die gibt es üblicherweise nur oberhalb der 'Schmelztemperatur' in Experimenten.

Das verstehe ich. Im Strang gibt es zu jeder Base ihr Komplement. Deshalb auch meine Wortwahl "Basenpaar". Auf eine graphische Darstellung habe ich der Übersichtlichkeit wegen verzichtet.


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Wenn Du einen Doppelstrang (ich lasse die Orientierung 5' -> 3' mal weg und gehe davon aus, dass das passt) mit der obigen Sequenz hast, würden sich die beiden Stränge zusammenlagern.

Ich dachte eher an folgenden Ablauf, als ich von Rekombination sprach:

Aus
Code:
AAAACCCCGGGGTTTT

Code:
TTTTGGGGCCCCAAAA

wird:

Erste Stelle im Ergebnis ist zu 50% A, zu 50% T. Zweite Stelle ist 50% A, zu 50% T. Die fünfte Stelle wäre zu 50% C und zu 50% G. Ein rekombinierter String würde dann beispielsweise so aussehen:

Code:
TAAACCGGGGCCATAT


Dazu könnte ich noch ein bisschen aus meinem Nähkästchen erzählen, aber ich bin heute nicht in Schreiblaune. Deshalb heute auch nichts mehr zu deinem anderen Post.
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Tom der Dino
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Beitrag(#1771826) Verfasst am: 05.08.2012, 23:22    Titel: Antworten mit Zitat

@welches Allel dominant /rezessiv ist:

Das kann durch Aktivatoren oder Repressoren entschieden werden. DNA-Sequenzen oder Proteine oder Proteinkomplexe, die einen Einfluss auf die Anzahl der gebildeten mRNAs haben. Je mehr mRNAs desto mehr Proteine des einen Gens desto dominanter (einfach gesprochen). Ein weiterer Punkt ist die Stabilität der mRNAs je stabiler desto öfter können sie in Proteine übersetzt werden ergo gleiche Konsequenz wie oben. Eine dritte mögliche Einflussart ist die Stabilität der Proteine. Proteine die stärker oder schneller dem Abbau zugeführt werden! können nicht so effektiv wirken, wie Proteine die weniger schnell abgebaut werden.

Das ist sicher nicht vollständig, aber ich denke ein guter Ausgangspunkt für weitere Recherchen.
_________________
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smallie
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Beiträge: 3726

Beitrag(#1772489) Verfasst am: 08.08.2012, 00:34    Titel: Antworten mit Zitat

El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Thread 1: Irreduzible Komplexität als Einwand gegen eine durchgängig naturalistische Evolution

Ich sehe nicht, dass Irreduzible Komplexität ein echtes Problem ist. Das Konzept ist vollkommen 'löchrig'. Inhaltlich braucht man es eigentlich gar nicht zu diskutieren, denn das Argument, das durch Irreduzible Komplexität gestützt werden soll (aus Irreduzibler Komplexität folgt Design), ist keins.

Ich verstehe nicht, warum du nach diesem Absatz noch weiterschreibst.


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Thread 2: Es ist geklärt, wie irreduzibel komplexe Systeme evolvieren

Das scheint mir nicht der Fall zu sein. Es gibt etliche Modelle, aber keine belastbaren Evolutionsschritte. Es ist einfach eine Frage, die noch geklärt werden muss. Vermutlich wird man neue Evolutionsmechanismen oder auch nur Kombinationen, an die man bisher nicht gedacht hat, finden. Nur nebenbei, vorsichtige Autoren wie Junker räumen ein, dass noch gar nicht gezeigt wurde, dass es überhaupt irreduzibel komplexe Systeme gibt. Menschen wie Darwin Upheaval gehen davon aus, dass es solche Systeme gibt. Es gibt eine interessante Korrelation (wie eigentlich immer in der Wissenschaftsgeschichte): Autoren, die meinen, eine Lösung gefunden zu haben, sind großzügig gegenüber den Inhalt der Kritiken (beispielsweise erkennt man an, dass es Irreduzible Komplexität gibt). Wenn man keine Lösung hat, muss man die Kritik als Kritik zerlegen (also beispielsweise bestreiten, dass sinnvoll definiert werden kann, was ein irreduzibel komplexes Systeme ist).


Zitat:
Not even wrong

An argument that appears to be scientific is said to be "not even wrong" if it cannot be falsified (i.e., tested with the possibility of being rejected) by experiment or cannot be used to make predictions about the natural world. The phrase was coined by theoretical physicist Wolfgang Pauli, who was known for his colorful objections to incorrect or sloppy thinking.

Rudolf Peierls writes that "a friend showed Pauli the paper of a young physicist which he suspected was not of great value but on which he wanted Pauli's views. Pauli remarked sadly, 'It is not even wrong.' "

http://en.wikipedia.org/wiki/Not_even_wrong



El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Thread 3: Dawkins behauptete, mit dem Inventar an Mechanismen, das er zur Verfügung hat, die gesamte Evolution zu erklären

Sollte er das so gesagt haben, wäre es albern. Kein Physiker würde sagen, daß er mit den Mechanismen, die er zur Verfügung hat, das gesamte Universum erklären könne.


El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Mir ging es ausschließlich um Thread 3. Du hast etwas vollkommen Anderes gemacht: mich davon überzeugen wollen, dass Irreduzible Komplexität kein Problem für andere Algorithmen oder Modelle ist.


andere Algorithmen. Stimmt nicht ganz. Meine Behauptung war, daß Weasel und Steiner keine anderen Algorithmen sind.

Weasel = Steiner - Rekombination

Meine Behauptung war auch, daß IC für jeden Algorithmus ein Problem sein kann:

smallie hat folgendes geschrieben:
Auch beim Steiner-GA von Dave Thomas läßt sich "echte" irreduzible Komplexität mühelos einbauen. Man muß nur fordern, daß die Gesamtlänge des Netzes nicht nur minimal sein soll, sondern auch über von Anfang an höchstens 2900 Einheiten lang sein darf. So läßt sich durch willkürliche Forderungen die Selektionsfunktion jedes GAs schrotten. Quasi ein Akt von kybernetischem Vandalismus. zwinkern

Als Informatiker müßtest du meine Argumente nachvollziehen und mir zeigen können, wo mein Denkfehler liegt. Warum sind das andere Algorithmen?

Hilfestellung: Quicksort bleibt Quicksort, egal ob damit integers, floats oder strings sortiert. Jede beliebige Vergleichsfunktionen taugt.


Dawkins hatte IC nicht auf dem Schirm, dazu kam Weasel zu früh - deine Worte. Dave Thomas hatte IC auf dem Schirm, sogar als Ziel, aber er hat übersehen, daß sich auch seine Bedingungen willkürlich schrotten lassen.

IC ist ein perfektes Verfahren zur Schrottgewinnung.
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El Schwalmo
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Anmeldungsdatum: 06.11.2003
Beiträge: 9073

Beitrag(#1772492) Verfasst am: 08.08.2012, 00:43    Titel: Antworten mit Zitat

smallie hat folgendes geschrieben:
El Schwalmo hat folgendes geschrieben:
Thread 1: Irreduzible Komplexität als Einwand gegen eine durchgängig naturalistische Evolution

Ich sehe nicht, dass Irreduzible Komplexität ein echtes Problem ist. Das Konzept ist vollkommen 'löchrig'. Inhaltlich braucht man es eigentlich gar nicht zu diskutieren, denn das Argument, das durch Irreduzible Komplexität gestützt werden soll (aus Irreduzibler Komplexität folgt Design), ist keins.

Ich verstehe nicht, warum du nach diesem Absatz noch weiterschreibst.

ich habe das, expressis verbis, schon so oft geschrieben, dass ich nur hoffen kann, dass Du meine Postings nicht gelesen hast.
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