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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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 (#1755054) Verfasst am: 24.05.2012, 15:42 Titel: Installationsprobleme |
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Tach!
Ich will ein Programm installieren, das möchte allerdings nicht und wahrscheinlich hat das eher was mit mir zu tun als mit dem Programm. Im Manual steht:
"If you are running under Windows, you should be in a comand window (nostalgically known to us older people as a DOS prompt). If you don't know how to use command-line programs, you should get help from a local guru."
Und das ist der Fall. Fühlt sich jemand angesprochen von den Gurus?
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pera
auf eigenen Wunsch deaktiviert
Anmeldungsdatum: 01.07.2009
Beiträge: 4256
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| (#1755064) Verfasst am: 24.05.2012, 16:52 Titel: |
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Start - Ausführen - cmd eingeben - enter / Bei XP
oder
die cmd.exe suchen - doppelklick / Win7
Dann öffnet sich ein command window. (DOS prompt)
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alae
auf eigenen Wunsch deaktiviert
Anmeldungsdatum: 23.03.2006
Beiträge: 7039
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| (#1755066) Verfasst am: 24.05.2012, 16:56 Titel: |
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Nicht dass ich jetzt ein Guru wäre, aber vielleicht kann ich sachdienliche Hinweise liefern.
Wenn ich den Satz google, komme ich hier an:
http://www.drive5.com/muscle/muscle_userguide3.8.html
Ist das dein Programm? Wenn ja, was genau ist das Problem?
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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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| (#1755076) Verfasst am: 24.05.2012, 17:07 Titel: |
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| pera hat folgendes geschrieben: | Start - Ausführen - cmd eingeben - enter / Bei XP
oder
die cmd.exe suchen - doppelklick / Win7
Dann öffnet sich ein command window. (DOS prompt) |
Kannst du das irgendwie ausführlicher erklären?
Bis Start komm ich noch mit. 
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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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| (#1755077) Verfasst am: 24.05.2012, 17:09 Titel: |
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Ich hab das runtergeladen. Wenn ich es öffnen/installieren will, passiert allerdings nicht.
Ich habe keine Ahnung, wie man sowas installiert, wenn das nicht "von alleine" passiert. Mit dem Programm selbst komm ich klar, ich kann es nur grad nicht verwenden - und das würde ich gerne ändern. 
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alae
auf eigenen Wunsch deaktiviert
Anmeldungsdatum: 23.03.2006
Beiträge: 7039
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| (#1755080) Verfasst am: 24.05.2012, 17:18 Titel: |
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Du hast die Windows-Version runtergeladen (nicht Windows/Cygwin), oder?
Wenn Du draufklickst, geht da kurz so ein schwarzes Fenster auf?
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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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| (#1755081) Verfasst am: 24.05.2012, 17:28 Titel: |
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| alae hat folgendes geschrieben: | Du hast die Windows-Version runtergeladen (nicht Windows/Cygwin), oder?
Wenn Du draufklickst, geht da kurz so ein schwarzes Fenster auf? |
Ja, die Version habe ich runtergeladen.
Ich habe es auf 2 Rechnern probiert, bei beiden (64Bit und 32Bit) geht sehr kurz ein schwarzes Fenster auf, ja.
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alae
auf eigenen Wunsch deaktiviert
Anmeldungsdatum: 23.03.2006
Beiträge: 7039
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| (#1755086) Verfasst am: 24.05.2012, 17:44 Titel: |
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Drück Windowstaste+R. Jetzt geht ein kleines Fester auf, wo Du
eingibst und Enter drückst. Jetzt kommt so ein schwarzes Fenster, wo Du was eintippen kannst. Da siehst Du auch, in welchem Ordner Du dich gerade befindest, z.B.:
Wenn Du jetzt
eintippst, dann wird Dir angezeigt, welche Ordner und Dateien sich darin befinden. Um in einen Unterordner zu wechseln gibst Du
| Code: | | cd wiehaltderordnerheißt |
ein. Um einen Ordner nach oben zu gehen gibst Du
ein. Mit diesem neu erworbenen Wissen wechselst Du jetzt in den Ordner, wo sich die heruntergeladene Datei befindet. Dann gibst Du den Namen der heruntergeladenen Datei ein. Jetzt müsste folgende Ausgabe kommen:
| Code: | MUSCLE v3.8.31 by Robert C. Edgar
http://www.drive5.com/muscle
This software is donated to the public domain.
Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97.
Basic usage
muscle -in <inputfile> -out <outputfile>
Common options (for a complete list please see the User Guide):
-in <inputfile> Input file in FASTA format (default stdin)
-out <outputfile> Output alignment in FASTA format (default stdout)
-diags Find diagonals (faster for similar sequences)
-maxiters <n> Maximum number of iterations (integer, default 16)
-maxhours <h> Maximum time to iterate in hours (default no limit)
-html Write output in HTML format (default FASTA)
-msf Write output in GCG MSF format (default FASTA)
-clw Write output in CLUSTALW format (default FASTA)
-clwstrict As -clw, with 'CLUSTAL W (1.81)' header
-log[a] <logfile> Log to file (append if -loga, overwrite if -log)
-quiet Do not write progress messages to stderr
-version Display version information and exit
Without refinement (very fast, avg accuracy similar to T-Coffee): -maxiters 2
Fastest possible (amino acids): -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3
Fastest possible (nucleotides): -maxiters 1 -diags |
Das bedeutet zumindest schon einmal, dass das Programm funktioniert, aber es braucht noch irgendeine Eingabedatei im FASTA-Format. Frag mich aber nicht, was das bedeutet, ich verstehe bisher nur, dass das irgendwas mit Bio oder Chemie zu tun hat. 
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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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| (#1755090) Verfasst am: 24.05.2012, 18:08 Titel: |
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| alae hat folgendes geschrieben: | Drück Windowstaste+R. Jetzt geht ein kleines Fester auf, wo Du
eingibst und Enter drückst. Jetzt kommt so ein schwarzes Fenster, wo Du was eintippen kannst. Da siehst Du auch, in welchem Ordner Du dich gerade befindest, z.B.:
Wenn Du jetzt
eintippst, dann wird Dir angezeigt, welche Ordner und Dateien sich darin befinden. Um in einen Unterordner zu wechseln gibst Du
| Code: | | cd wiehaltderordnerheißt |
ein. Um einen Ordner nach oben zu gehen gibst Du
ein. Mit diesem neu erworbenen Wissen wechselst Du jetzt in den Ordner, wo sich die heruntergeladene Datei befindet. Dann gibst Du den Namen der heruntergeladenen Datei ein. Jetzt müsste folgende Ausgabe kommen:
| Code: | MUSCLE v3.8.31 by Robert C. Edgar
http://www.drive5.com/muscle
This software is donated to the public domain.
Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97.
Basic usage
muscle -in <inputfile> -out <outputfile>
Common options (for a complete list please see the User Guide):
-in <inputfile> Input file in FASTA format (default stdin)
-out <outputfile> Output alignment in FASTA format (default stdout)
-diags Find diagonals (faster for similar sequences)
-maxiters <n> Maximum number of iterations (integer, default 16)
-maxhours <h> Maximum time to iterate in hours (default no limit)
-html Write output in HTML format (default FASTA)
-msf Write output in GCG MSF format (default FASTA)
-clw Write output in CLUSTALW format (default FASTA)
-clwstrict As -clw, with 'CLUSTAL W (1.81)' header
-log[a] <logfile> Log to file (append if -loga, overwrite if -log)
-quiet Do not write progress messages to stderr
-version Display version information and exit
Without refinement (very fast, avg accuracy similar to T-Coffee): -maxiters 2
Fastest possible (amino acids): -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3
Fastest possible (nucleotides): -maxiters 1 -diags |
Das bedeutet zumindest schon einmal, dass das Programm funktioniert, aber es braucht noch irgendeine Eingabedatei im FASTA-Format. Frag mich aber nicht, was das bedeutet, ich verstehe bisher nur, dass das irgendwas mit Bio oder Chemie zu tun hat. |
Ja, wow, danke sehr!!! 
Bis hierhin funktioniert alles. Ich weiß auch, wie die Dateien auszusehen haben, allerdings frage ich mich, woooo ich die denn hochladen kann?
Also wo finde ich das Programm, schön wenn es funktioniert, aber versteckt es sich? Oder ist das nun einfach in diesem Eingabefenster?
Ok, die letzten Fragen haben sich erledigt.
Allerdings, wie sieht die Zeile aus, wenn man was einladen will, das funzt bei mir irgendwie nicht. Kannst du das vielleicht mal so beispielhaft in Code setzen? Das wäre super-sweet!
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No coins. It's change I need.
Zuletzt bearbeitet von River Queen am 24.05.2012, 18:21, insgesamt einmal bearbeitet |
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Critic
oberflächlich
Anmeldungsdatum: 22.07.2003
Beiträge: 16342
Wohnort: Arena of Air
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| (#1755092) Verfasst am: 24.05.2012, 18:16 Titel: |
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Was ich noch erinnere : FASTA ist ein Algorithmus zum Alignment von Nukleotidsequenzen, d.h. im Prinzip zur Ähnlichkeitsbewertung.
Das Format, das ein frühes Programmpaket entgegennahm, das diesen und ähnliche Algorithmen implementierte, ist ein Standardformat für die Arbeit mit Gensequenzen geworden (steht auch hier).
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"Die Pentagon-Gang wird in der Liste der Terrorgruppen geführt"
Dann bin ich halt bekloppt. 
"Wahrheit läßt sich nicht zeigen, nur erfinden." (Max Frisch)
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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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| (#1755095) Verfasst am: 24.05.2012, 18:23 Titel: |
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Upsi, ich habe aus Versehen editiert, statt neu zu schreiben. Also alles was ich sagen wollte hängt oben an dem andern Post dran.
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Critic
oberflächlich
Anmeldungsdatum: 22.07.2003
Beiträge: 16342
Wohnort: Arena of Air
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| (#1755100) Verfasst am: 24.05.2012, 18:55 Titel: |
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Wenn Du in dem entsprechenden Pfad bist und eine Datei xy.fa mit Sequenzen im FASTA-Format eingeben willst, die im gleichen Pfad liegt (siehe auch User's Guide unter der im Programm angegebenen URL), dann
Dann geht die Ausgabe auf den Bildschirm. Meistens wird man sie aber in eine Datei haben wollen, also etwa yz.afa (die Endung steht der Beschreibung nach für aligned FASTA):
| Code: | | muscle -in xy.fa -out yz.afa |
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"Die Pentagon-Gang wird in der Liste der Terrorgruppen geführt"
Dann bin ich halt bekloppt.
"Wahrheit läßt sich nicht zeigen, nur erfinden." (Max Frisch)
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River Queen
audiophil.
Anmeldungsdatum: 16.07.2009
Beiträge: 3516
Wohnort: Ochrasy
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| (#1755101) Verfasst am: 24.05.2012, 19:01 Titel: |
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Aha, ich habs schon, yeah. Ich hatt die ganze Zeit den Fehler gemacht nur "muscle" + blablablabla einzugeben, man muss allerdings den vollständigen Dateinamen verwenden.
Läuft!
Danke Jungs.
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alae
auf eigenen Wunsch deaktiviert
Anmeldungsdatum: 23.03.2006
Beiträge: 7039
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| (#1755104) Verfasst am: 24.05.2012, 19:16 Titel: |
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| Bitte schön.
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